Este museo está enteramente dedicado al descubrimiento de la momia llamada "Princesa Juanita", la Princesa de Hielo. En 1995, una expedición descubrió el cuerpo de esta joven princesa inca, de 13 o 14 años, sacrificada en el glaciar Nevado Ampato hace 500 años, junto con otro niño, también sacrificado. La rica vestimenta y la multitud de objetos rituales con los que están cubiertos atestiguan su alto rango social, así como el propósito de su muerte, probablemente para apaciguar la ira de los dioses. Encerrados en el hielo, sus cadáveres han sido preservados de manera absolutamente excepcional, desde el pelo hasta las uñas de los pies; sólo fueron sacados a la luz por la erupción de un volcán cercano que derritió su tumba de hielo. El museo está compuesto por los objetos funerarios y rituales que lo rodeaban, y al final, como recompensa, se entronizan las dos momias de las doncellas sacrificadas.